Le Jura, c’est la partie externe de la chaîne alpine, on peut y voir trois unités: -la Haute Chaîne (plissée), les plateaux et les faisceaux.

L’histoire géologique du Jura remonte principalement au Mésozoïque période couvrant de (-245Ma à -65Ma). Les dépôts sont des roches sédimentaires, essentiellement des calcaires massifs et des marnes plus ou moins tendres, déposés dans un milieu marin de profondeur variable, entre le Trias (250Ma) et le Tertiaire. Cette ère géologique, le Mésozoïque, est généralement scindée en 3 sous périodes (Trias, Jurassique et Crétacé). On trouve également quelques reliques de sédiments tertiaires.

LE TRIAS (-245MA À -200MA)
Au Trias, le Jura commence d’être recouvert par la mer, le climat est dit tropical et sec. Les dépôts caractéristiques sont des évaporites, roches chimiques liées à l’évaporation de l’eau de mer (Anhydrite, gypse, sel). Les affleurements sont rares.

LE JURASSIQUE (-200MA À -144MA):
Au Jurassique, le massif du jura émerge très localement de l’eau. des archipels composés de quelques îlots. Des empreintes de dinosaure visibles dans certaines. couches (Loulle proche de Champagnole(Fr), La Plagnee (Fr), Moutiers et Ajoie (CH) permettent d’établir que ces îlots, à certains moments, étaient suffisamment vastes pour accueillir des troupeaux de sauropodes herbivores de plusieurs tonnes.

Le climat reste tropical, de nombreux fossiles se retrouvent piégés dans les sédiments calcaires (Coraux, bivalves, visibles). C’est à cette période que les plus grandes quantités de sédiments formant le jura vont se déposer (principalement des marnes (fragiles), et des calcaires(assez durs), ils vont s’accumuler sur plus de 800m d’épaisseur, en formant un véritable mille-feuilles composé de milliers de strates. La fin du jurassique se caractérise par une très courte période d’émersion du Jura, la mer se retire, le niveau de l‘eau descend pendant 1 ou 2 millions d’années tout de même!

LE CRÉTACÉ (-144MA À -65MA):
Au Crétacé, (-144Ma à -65Ma), une mer épicontinentale recouvre à nouveau le Jura, le climat reste tropical, au fond d’une mer chaude et peu profonde, se forment des strates, principalement de calcaire et de marnes. La fin de l’ère secondaire est marquée par la disparition des dinosaures à la surface du monde et des ammonites dans les océans. Cette importante extinction des espèces semble avoir des causes multiples dont deux principales: 1- la collision d’un astéroïde, 2- un épisode volcanique intense (plateaux du Decan).

LE TERTIAIRE ET LA FORMATION DES ALPES (-65MA À -2MA)
Début de l’ère Tertiaire (-65Ma). Au Paléocène, Éocène, Oligocène, c’est la phase de surrection des Alpes, période couvrant de (-65Ma à -25Ma). Le Jura se soulève à nouveau sous forme de plateau et va subir une intense érosion de surface mais également une intense corrosion (formations karstique).
En surface, comme en profondeur, le calcaire est encore tendre et très friable. Comme il n’y a pas de dépôts (ou seulement localement piégés dans des avens), donc les témoins de cette période sont rares (remplissages sidérolithiques).

Au Miocène, de (-25Ma à -5Ma), la mer envahit à nouveau une partie importante du Jura, bien qu’à la fin de cette période, le jura émerge à nouveau. 240 millions d’années se sont écoulées depuis le début de l’histoire, c’est enfin la naissance de la haute chaîne du jura par glissement et plissement de la couverture sédimentaire mésozoïque et tertiaire du massif; déformation due à la poussée exercée par les Alpes. Le relief reste relativement faible par rapport à celui des Alpes, le Crêt de la neige étant le point culminant actuel (1717m) du massif du Jura. De violents séismes sont fréquents. Le massif jurassien, forme alors un croissant, situé au cœur d’une zone géographique délimitée par les Vosges, la Haute Saône, la Bresse, la Chartreuse, le lac Léman et les Alpes.
 La naissance de ce relief conduit à la formation à la formation de structures d’écoulement des eaux comme les ruz et les cluses.

LE PLIOCÈNE (-5MA À -2MA)
Au Pliocène (-5Ma à -2Ma) le plissement est accompagné par de multiples glaciations qui vont commencer le travail d’érosion du massif jurassien, la plupart des plus grands réseaux karstiques du jura se sont initiés à cette époque, c’est la naissance de nombreuses grottes connues du Jura. Bien ailleurs de l’autre côté du monde, l’apparition du genre Homo en Afrique/Europe est datée à -2,5Ma, mais pour l’instant, Homo n’a pas encore découvert ce paradis qu’est le Jura. Nous arrivons à la fin de l’ère tertiaire (-2Ma).

LE QUATERNAIRE ET LES PÉRIODES GLACIAIRES (-2MA À AUJOURD’HUI)
Début du quaternaire, intensifications des périodes glaciaires, le Jura se retrouve recouvert par une calotte de glace descendant jusqu’à une altitude d’environ 700m. Les glaciers vont éroder le massif jurassien, sculpter, charrier des quantités colossales de matière. Les anticlinaux du haut Jura, souvent friables vont être rabotés. À l’époque, le bas Jura est couvert de toundra, c’est la période où mammouths et rhinocéros laineux pâturent paisiblement sur la plaine jurassienne. Il y a environ 35 000 ans, l’homme s’installe dans le Jura Souabe, plateau au sud de l’Allemagne. La présence humaine la plus ancienne découverte dans le Jura date de l’époque de Néandertal. Dans 6 grottes et cavernes, des fouilles ont permis de mettre en évidence la présence de nombreux objets abandonnés par les premiers occupants. Le Wurm, dernière période glacière ayant recouvert le Jura, prend fin il y a environ 10 000 ans, laissant derrière lui nombre de phénomènes karstiques visibles en surface. Dolines, lapiaz, pertes, sources, combes, alluvions, colmatages sont la preuve que notre paysage jurassien est dû autant à la dissolution qu’à l’érosion du calcaire. Depuis, le climat se réchauffe doucement, très doucement.

ET ENFIN…L’HOMME DANS LE JURA

L’homme a colonisé le Jura depuis plusieurs millénaires, s’installant dans un premier temps de manière pérenne au bord des lacs en basse altitude, les fouilles archéologiques des Lacs de Chalain et Clairvaux témoignent de la présence de pêcheurs, agriculteurs il y a environ 4000 ans. Plus tard, l’homme remonte le long des rivières, principales voies de communication naturelles et source d’énergie pérenne. Il ouvre des voies de communication traversant les montagnes autour desquelles se développent des villes. La haute chaîne du Jura aurait été défrichée beaucoup plus tard, seulement autour du XVe siècle pour certains pâturages, retard dû au climat rude, à la pauvreté du sol et à l’absence d’eau en surface. Le massif jurassien continue à évoluer, les phénomènes naturels tels que l’érosion, la dissolution du karst et l’action humaine continuent aujourd’hui à sculpter nos montagnes.